La historia del actual Instituto de Fisiología está, en su origen, indisolublemente ligada a la destacada figura del Profesor Dr. Bruno Günther Schaffeld (1914-2009; médico cirujano UCH, 1939), quien llega a Valparaíso en 1956 llamado a conformar un núcleo académico para impartir la docencia en fisiología y fisiopatología en la naciente sede porteña de la Universidad de Chile. Médicos, odontólogos, enfermeras, biólogos, con vocación científica se integran a su proyecto fundacional. Así, el doctor Günther, junto a Dr. Jorge Aguirre,  Dr. Jorge Kaplan, Enf. Silvia Grez, Prof. Gabriela Díaz y Dr. Walter Gutmann, ponen en marcha el primer laboratorio de Fisiología Cardiovascular y Cirugía Experimental en el subterráneo del viejo Hospital de Niños (Subida El Litre). Estos primeros esfuerzos llevarían años después al equipo del Dr. Kaplan a realizar el histórico primer trasplante de corazón en Chile.

En 1959, se crea el Departamento de Ciencias de Valparaíso (DCV) (D.E. Nº68, UCH), bajo la dirección del profesor Günther, con el propósito de promover y fomentar la investigación científica, formar investigadores e impartir la enseñanza en ciencias básicas. El DCV, queda integrado por el Instituto de Fisiología y los institutos de Anatomía, Biología, Matemáticas, Física y Química. A poco tiempo de su creación, en 1962, el DCV se había fortalecido con recursos tanto humanos como materiales, una muy buena infraestructura y una moderna sede en el barrio de Playa Ancha (actual edificio de la Facultad de Ciencias). Luego del retorno del prof. Gunther a Santiago (1966), la Dirección del DCV queda a cargo del gran médico y naturalista, el Dr. Parmenio Yañez, creador (1941) de la Estación de Biología Marina en Montemar.